Την αντίδραση τόσο του Γενικού Ελεγκτή, Οδυσσέα Μιχαηλίδη, όσο και της Ελεγκτικής Υπηρεσίας, προκάλεσε η αναφορά του Κυβερνητικού Εκπροσώπου, ο οποίος απαντώντας σε ΑΚΕΛ και ΔΗΚΟ, αναφέρει, μεταξύ άλλων, πως «η Ελεγκτική Υπηρεσία, όχι μόνο δεν αποκλείστηκε από τον Γενικό Εισαγγελέα, αλλά συμμετέχει στην ερευνητική επιτροπή με έναν εκ των δύο επικεφαλής της».

Σε ανάρτησή του στο Twitter ο Γενικός Ελεγκτής αναφέρει πως, «θα ήταν αδιανόητο κάποιος να εκπροσωπείται σε μια Επιτροπή, χωρίς να ερωτηθεί». 

Όπως σημειώνει, «ο Βοηθός Γενικού Ελεγκτή διορίστηκε υπό την προσωπική ιδιότητα του και, για σκοπούς διαφύλαξης της ανεξαρτησίας της ΕΥ (Ελεγκτικής Υπηρεσίας), έχει αποκλειστεί από τους ελέγχους που αφορούν το πρόγραμμα πολιτογραφήσεων».
 

Λίγο νωρίτερα, η Ελεγκτική Υπηρεσία, επίσης, μέσω Twitter έγραψε τα εξής: «Οι αναφορές του Κυβ. Εκπροσώπου ότι δήθεν η ΕΥ εκπροσωπείται στην Ερευνητική Επιτροπή, πλήττουν το θεσμό του Γενικού Ελεγκτή (ΓΕ) και προσβάλλουν το Γενικό Εισαγγελέα ο οποίος αυτοβούλως, χωρίς διαβούλευση με το ΓΕ, διόρισε το Βοηθό Γενικού Ελεγκτή υπό την προσωπική ιδιότητα του».